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Ejercicios complementarios

A continuación encontrará una serie de ejercicios relacionados con la manipulación de fragmentos nucleotídicos o proteicos para que siga practicando en Python.

En el siguiente enlace se puede descargar un script de Python con todos los ejercicios y soluciones que forman esta sección.

Ejercicio 1

Describa dos posibles formas para conocer el número de nucleótidos o aminoácidos almacenados como una lista.

Se propone como lista el siguiente fragmento de ADN: ATGCGCGATCG

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segmento_DNA = ['A','T','G','C','G','C','G','A','T','C','G']
def longitud_cadena (segmento_DNA):
    cont = 0
    for i in segmento_DNA:
        cont += 1
    return cont
longitud_cadena(segmento_DNA)

#Otra opción: 
longitud = len(segmento_DNA)
print(longitud)

Ejercicio 2

Determine cuántas veces aparece el nucleótido citosina (C) en un fragmento de ADN almacenado como cadena.

Se propone de ejemplo el siguiente fragmento de ADN: ATGCGCGATCGTAGCT

Respuesta 
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segmento_DNA = 'ATGCGCGATCGTAGCT'
bp = 'C'

print('Nº de citosinas:', segmento_DNA.count(bp)) #La opción más simple

contador = 0 #Otra opción
numero = 0
while numero < len(segmento_DNA):
    if bp == segmento_DNA[numero]:
        contador += 1
    numero += 1

print('Nº de citosinas (bucle while):', contador)

Ejercicio 3

Determine el porcentaje de guanina-citosina (GC) en un fragmento de ADN almacenado como cadena.

Se propone de ejemplo el siguiente fragmento de ADN: AGGCGCGTTGTGATGGTCGTAGCT

Respuesta 
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segmento_DNA="AGGCGCGTTGTGATGGTCGTAGCT"
total_nucleotidos = len(segmento_DNA)

numero_g = segmento_DNA.count("G")
numero_c = segmento_DNA.count("C")

contenido_gc = ((numero_g + numero_c)/total_nucleotidos)*100
print(f"El porcentaje GC del fragmento es: {contenido_gc}")

Ejercicio 4

Defina una función que convierta un fragmento de ADN a su ARN complementario.

Respuesta 
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def ADN_ARN(segmento_DNA):
    transcripcion = {"G":"C", "C":"G", "T":"A", "A":"U"}
    cadena_arn = ""
    for caracter in segmento_DNA:
        cadena_arn += transcripcion[caracter]
    return cadena_arn

Ejercicio 5

Determine si el último codón de un fragmento de ADN es un codón de inicio, stop u otro. El fragmento se ha almacenado como cadena en la respuesta, aunque puede solucionarlo como desee.

Se propone de ejemplo el siguiente fragmento de ADN: ATGCGCGATCGTAGCT

Respuesta 
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segmento_DNA = 'ATGCGCGATCGTAGCT'
codon1 = segmento_DNA[-3:]

if (codon1 == 'ATG'):
    print(' El codon', codon1, 'es un codon de inicio.')
elif ((codon1 == 'TAA') or
       (codon1 == 'TAG') or
       (codon1 == 'TGA')):
    print('El codon', codon1, 'es un codon stop.')
else:
    print('El codon', codon1, 'es un codon diferente.')

Ejercicio 6

Defina una función que muestre la posición del primer nucleótido que constituye el codón de inicio en un fragmento de ADN.

Respuesta 
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def codon_inicio(segmento_DNA):
    for i in range(len(segmento_DNA)):
        triplete = segmento_DNA[i:i+3]
        if triplete == 'ATG':
            return(i+1) # Ya que la posición 1 es 0
    else:
        return ("No hay codón de inicio.")

Ejercicio 7

Imprima por pantalla todos los codones que comiencen por timina (T).

Respuesta 
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bases = ['A', 'T', 'C', 'G']

print('Codones que empiezan por T:')
for segunda_base in bases:
    print('Codones que empiezan por T' + segunda_base)
    for tercera_base in bases:
        print('T' + segunda_base + tercera_base)

Ejercicio 8

Determine el porcentaje de aminoácidos de un fragmento proteico almacenado como cadena.

Se propone de ejemplo el siguiente fragmento: PCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACD

Respuesta 
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secuencia_proteica ="PCCWWLAKVRMIKGEFYVIEYAACD"
aminoacidos = set(secuencia_proteica)
secuencia_length = len(secuencia_proteica)

for aminoacido in aminoacidos:
    aminoacido_count = secuencia_proteica.count(aminoacido)
    aminoacido_porcentaje = (aminoacido_count/secuencia_length) * 100
    print(aminoacido,":",round(aminoacido_porcentaje,1))
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